在以“自然保护区建设与管理”为主题的全国政协双周协商座谈会上，全国政协委员、福建省副省长洪捷序在肯定海洋自然保护区规划建设所取得成绩的同时，也谈到了目前存在的问题。“我国的海洋自然保护区起步较晚，规划滞后和自下而上的申报制度，导致海洋自然保护区布局不均衡，北方的数量明显少于南方。从保护类型看，多以红树林、珊瑚礁、河口湿地、海岛野生动植物为主要保护对象，而生物多样性和非生物资源等类型较少。”
作为海洋资源大省，福建海域面积13.6万平方公里，超过陆域面积。据资料显示，福建省人均浅海滩涂面积21倍于全国平均水平，海洋矿产和风能、潮汐能、波浪能等海洋能资源极为丰富，尤其深水岸线资源，其丰富程度位居全国第一。
“然而，目前政策主要关注当地生产活动对保护区的生态环境影响，很少考虑为当地寻找替代发展途径，致使建立自然保护区与当地发展矛盾显现，地方申报海洋自然保护区的积极性不高。”为此，洪捷序表示，要制定海洋自然保护区中长期发展规划，整合部门监管职责，强化海洋部门在海洋类型保护区的统一管理职能。他还提出两个“积极性”：把海洋自然保护区建设成效纳入地方政府工作绩效的考核内容，提高地方政府建设和发展保护区的积极性；加大社会对海洋自然保护区的支持，畅通信息公开渠道，建立公共监督员制度，争取社区渔农参与配合，提高公众参与度和积极性。
