为做好顶层设计，提高生态保护红线相关政策的科学性、协调性、系统性，我们建议：
一、建立健全与我国基本国策相匹配的国家红线管控体系。要解决目前面临的各种环境问题，应该设立人口、资源和环境三大红线体系。生态红线不仅包括自然生态功能保障，也应该包括环境质量和环境风险，包括对已有的水污染物排放总量控制、大气污染物排放总量控制、土壤环境质量等内容。
二、密切关注民生问题，在影响老百姓身体健康、区域生态安全和关系社会稳定的领域优先划定生态红线。生态红线不仅应该包括自然生态功能保障，更应该包括影响老百姓健康的雾霾问题、饮水安全、土壤污染、环境风险等。
三、规范生态红线管理技术支撑体系。明晰生态红线的概念，丰富生态红线的内涵，制定并完善生态红线的划定技术，使生态红线从一条众人关注的政策红线，真正落地成为一条可操作的实线。要在环境红线划分问题上摸索出一套程序和方法，形成一套相对完善、可操作的技术规范，在重点地区先行试点，继而在全国范围推广。
四、建立健全生态红线管理法律法规体系。根据生态红线的内涵和定位，研究制定生态红线的保护机制，并纳入相关法律法规中。生态红线划定后，对自然保护区等国家已有相关制度或条例的，仍要严格遵守，对新划定但还缺乏法律法规保障的红线区，要尽快制定相应的法律法规。
五、优先启动环保大部门制改革，改革和完善生态红线治理运行机制。建议优先从环保领域启动大部门制改革，着力构建决策权、执行权、监督权相互制约又相互协调的治理运行机制，赋予国土资源和环保部门更多的决策权和监督权。中央政府负责跨国界、跨区域、全流域生态环境治理，地方政府负责辖区内生态保护与污染治理，逐步推进省以下环保部门垂直管理。
六、推行生态红线奖励和惩罚机制。逐步建立差异化的生态红线评估体系，推进生态红线区环境质量监测与评估考核体系建设，逐步将区域环境功能区划和生态红线评估结果纳入各级党政领导干部的综合考核评价体系。对划入生态保护红线的重要生态环境功能区要实行生态补偿。建立责任追究和绩效奖励制度。
