谈及国家创新体系的建设问题，参加全国政协十二届常委会第六次会议的很多常委和委员都不忘强调中小企业在创新中的主体作用，但更多与会者选择对政府应在推动中小企业成为创新主体过程中应担负的责任发表自己的看法。“虽然政府不是创新的直接参与者，但其在创新体系建设中的作用举足轻重。政府的作用发挥得不好，中小企业的创新活力就得不到激发，产学研一体化和全民创新也就无从谈起。”陈绍军常委开宗明义。
在刘继贤常委看来，搞国家创新体系建设，政府需要做的工作很多，体制、机制和法制建设是其中最重要的三个方面。“政府需在体制建设中起主导作用，制定前瞻性的发展战略，对创新体系进行结构、信息等方面的调控，同时发挥导向、协调、引进等方面的机制作用，充分调动企业、高校、科研机构甚至是中介的创新积极性，形成双边、多边的创新合作，并加大创新人才的培养和使用、创新成果的评价和转化等方面的法制建设。”
“除此之外，政府还应引导良好的创新氛围，引导社会资源向科技创新企业倾斜，并科学统筹各种创新资源，建立公平公正的市场准入机制，通过知识产权保护、财税政策支持等手段‘刺激’中小企业，让他们爆发出更强劲的创新动力和活力。”张来斌常委表示。
张震宇常委指出，目前政府在创新政策协调、科技服务供给、基础研究领域投入等方面的不足，“政府应加强顶层设计，改革科技行政管理体制，避免‘政出多门’，同时一定要在推动中小企业科技公共服务平台建设方面下大功夫，为中小企业这一创新主体服好务，使他们能够真正把精力集中在科技创新上。”
作为企业界人士，王小兰委员深知科教体制改革在推进过程中会和其他改革一样遇到很多困难。“任何改革都需要伴随着一场思想解放，都需要打破不自觉形成的认识依赖和路径依赖，无论是政府还是企业，都需要从实现中华民族伟大复兴的角度上理解今天的改革、设计今天的改革、参与今天的改革，否则再好的改革设计也没有执行的基础。”王小兰说。
