2012年全国科技投入统计公报数字很鼓舞人心，R&D(研究与开发)经费逐年增加，2012年达到10298亿元，已经占GDP的1.98%，R&D人员总量逐年增加，达到324万人/年。这里有几个值得思考的问题，我们的R&D经费过万亿，这个钱是不是都是R&D经费呢？人员过了324万，实际是不是都用在R&D上？R&D投入配置的比例结构到底怎么样？
第一，要进一步摸清家底，普查R&D经费。从2012年的统计数据看，各类企业R&D支出占76.2%，相当于7842亿元，这个数不小。现行统计对企业上报R&D数据制约因素不多，目前一般认为企业还没有成为技术创新的主体，如果说企业投入这么大，带动多少R&D？开展R&D经费普查，摸清家底，对宏观决策非常重要。
第二，减少“口袋”，整合资源。现在政府科研经费分配的“口袋”太多，对科技人员来讲，有“口袋”就要去申报，你报了以后就按照人家那一套来管理。从项目的申报、评审、评估到申报奖励、验收花费了大量精力，而且在经费使用效率上也会降低。一个研究团队，为什么不能一个“口袋”让他吃饱，这样还能节约科研人员的时间。“让科技人员多一点精力搞研究”，近几年科协界委员一直在呼吁。
第三，要加大基础研究比例，提高原创能力。基础研究、应用研究、试验开发经费应有适当比例。我国2012年的比例，基础研究占4.8%，应用研究11.3%，事业发展83.9%。我们在下游投入太多。从2006年到2012年，我们的基础研究经费占R&D的比例都在5%左右徘徊。现在说是基础研究，做的多是应用基础研究，真正的基础研究少。基础研究是重大技术变革的基础，我们自己的技术引进是靠不住的，好的技术人家不卖，差的技术我们不要。建议加强基础性、战略性、前沿性的基础研究，在现有基础上，研究经费每年能不能增加一个百分点，这样到2020年可能到10%以上。
