科技部在“十五”期间启动了国家实验室的建设，这个平台的建设得到了科技界的极好的响应。“十一五”期间，科技部又陆续批准了5个试点的筹建实验室，在全国人大表决通过的“十二五”规划当中，明确了要建设国家实验室。目前，国家实验室取得了非常好的成绩，比如说队伍建设非常好，在创新研究方面也较突出，再比如说铌钛物理超导、分子科学和纳米技术、光电材料、先进材料方面都有很好的表现。另外，在机制改革方面也做了尝试。
然而，国家实验室筹建运行以来，也暴露出一些亟待解决的问题:
一是国家实验室在国家创新体系中的定位和与依托单位的关系尚不明确。国家实验室基本上是依托国家科研院所和研究型大学，在原国家重点实验室的基础上而建设的。而主管部门设想和要求分离出国家实验室，变更为主管部门下属的独立法人单位，对各依托单位而言无疑是“杀鸡取卵”，并影响各依托单位的发展。
二是对国家实验室建设的财政支持机制尚未建立和健全。“十二五”以来，国家财政已经建立了对国家重点实验室长期和稳定的财政支持制度，然而对国家实验室却尚未建有制度性的财政支持机制。
三是国家对部分国家实验室的财政支持力度不足。有些国家实验室是由跨部门的若干国家重点实验室基础上筹建的，由于随着国家实验室的筹建，原有国家重点实验室被撤销，所获得的国家实验室筹建经费还少于对原有国家重点实验室的经费支持，“国家实验室”反而成了“紧箍咒”，严重制约我国优势科研机构的发展。
为全面深化国家实验室建设的改革，做如下建议:
一、坚定改革思路，扎实推进国家实验室建设。面对国家实验室筹建中出现的问题，不回避、不等待。乘新一轮全面深化改革之风，评估和总结国家实验室筹建中的经验和得失，做实国家实验室，完成“十二五”国家实验室建设任务。
二、国家科技领导小组要协同各部门利益，理顺部门、国家实验室和依托单位关系。坚持实事求是，在独立法人问题上不求一刀切。只要有利于深化科研体制改革、有利于国家创新体系建设、有利于大幅提升我国科研水平、有利于解决国家经济社会发展的重大需求，就要加快和稳步推进国家实验室的建设和发展。
三、建立和完善政府对国家实验室的长效财政资助机制。对国家实验室应保证不低于对国家重点实验室人均当量的财政资助力度，并做到逐年增加。同时加大对国家实验室的硬件和平台建设的投入。
四、集中力量办大事。强化国家实验室，使其成为解决国家经济社会发展战略需求问题的主导力量。要求国家实验室投身国家战略性的基础前沿和高新技术研究。
五、创新管理模式。在国家实验室中建立科学、公开透明的人事、科研资源管理和科研评价机制。创建有利于科技发展的文化氛围。
