丹江口库区及上游地区是南水北调中线工程水源区，把水源区的水资源保护好、利用好是南水北调中线工程确保“一库清水永续北送”的关键。丹江口水库水质总体保持良好，但影响水质的问题仍然存在，如部分河流断面水质未达标、城镇污水和垃圾污染严重、农业面源污染危害很大、库区重大水污染隐患等，有的问题还十分突出。为此建议:
一是统筹协调生态保护和社会经济发展。水源地严格的保护措施为调整优化产业结构提供了难得契机。丹江口水源地的生态优势，可以通过绿色农业、高科技产业以及生态旅游等多种模式得到充分发挥，带动当地可持续发展。
二是统筹兼顾水源区和受水区利益共赢。由政府协助搭建对口合作平台，建立水源地保护区与用水区企业取长补短、互利合作的良性机制。用水区加大对保护区人才、智力、项目、资金等方面的转移，水源保护区则提供政策、土地、人力资源、优质生态环境及产品。应结合生态功能保护区的实际，不断培育生态功能保护区自我造血能力，实现互利共赢。
三是统筹促进环境友好产业协调发展和保护区群众持续增收。丹江口水源地在探索环境友好的经济结构转型发展中取得了初步经验。例如河南淅川县通过发展金银花种植产业，代替了污染较大的黄姜种植业；湖北郧县发挥紫薯种植和生态农业特色，发展了紫薯深加工和旅游观光产业，取得良好效果。
四是统筹发挥政府引导作用和市场对资源的配置作用，完善生态补偿机制。在丹江口水源地，可以探索建立和完善排污权交易、水资源有偿使用，治污项目市场化运营等模式，通过市场手段提高资源配置效率。同时，政府应加强对环境友好产业的扶持引导，加强环境监管，健全生态环境保护责任追究和赔偿制度。
此外，加强生态文明制度建设刻不容缓。建议:制定丹江口水源地保护条例；加大政策支持及“十二五”规划执行力度；健全水源区管理体制机制；将南水北调中线水源地设立为国家级生态文明综合改革试验区，在体制机制创新上取得新突破。
