要增强在重大、关键领域的国家核心自主创新能力，必须在体制机制上有所突破。为此建议:
一是发挥自主创新举国体制优势。首先，对重大装备、重大关键共性技术、战略性产业的自主创新，要发挥“举国体制”和“集中力量办大事”的优势，破除部门分割，统一规划、统一组织实施，建立多部门、多行业协同配合机制，将有限的资源向战略目标领域集中，以较快的速度实现重大突破；其次，自主创新的举国体制，应高度重视统筹构建政府与科研机构、高校、企业、金融、第三方评价机构之间紧密关联、相互促进的体系，完善资源投入、项目管理、成果评价、市场反馈、利益分配等机制；再次，加大对自主创新特别是国家重点科技领域成果的知识产权保护。
二是加强宏观调控，培育自主创新能力。自主创新并不排斥技术引进，但只有将引进建立在自身研发的基础之上，才能真正消化吸收再创新。因此，要加强国家层面的宏观调控，凝聚科技力量，挖掘潜力大、质量高、效益好且与国情和产业环境相匹配的先进技术，根据研发基础和发展方向引导引进技术的内容和总量，制定相应的技术引进规划和政策法规，规范引进行为；要建立以技术引进为自主创新服务的制度，防止过度引进产业技术依赖，导致原有的研发能力和科研队伍流失。
三是以举国体制提高国家核心技术创新能力，更要深化科技管理体制改革，建设良好的自主创新环境。要加大科技经费保证力度和使用自主权，完善以市场为导向、企业为主体的自主创新体系；探索建立政府负责科技计划制定与监管，科学基金会等社会中介组织负责科技计划制定与监管，科学基金会等社会中介组织负责项目实施与管理的机制；要逐步建立决策、执行和监督三者分离的科技管理体制，营造良好的自主创新环境。
