自主创新能力不足是当前制约产业结构升级和发展方式转变的瓶颈。主要表现为：一是很多关键核心技术受制于人，一些重要产业对外技术依存度过高。我国100％的光纤制造设备、80％以上的集成电路制造设备和石化装备、70％的数控机床是国外产品。在新兴产业方面，半导体照明产业80%以上的大功率、高亮度LED芯片，太阳能光伏产业90%以上的硅提纯技术等依赖进口。二是重引进、轻开发，重模仿、轻创新，难以摆脱重复引进困境。我国引进技术的消化吸收投入明显偏低。2003年以前，大中型工业企业技术引进与消化吸收经费之比在14：1以上；2004年以来逐步改善，但仍在4：1左右。三是国内市场为本土技术创新提供的机会偏少。大部分高技术含量市场被国外企业占有，2002年~2008年，大中型工业企业引进国外技术的经费是购买国内技术的4.2倍，与日韩处在我国相同发展时期所采取的支持本土技术创新战略差距太大。同时，中小企业普遍融资难。四是科技管理体制改革亟待深化。多头管理和部门分割等“老大难”问题，导致科技资源效率低下、重复浪费，不利于创新能力提高。如在核电技术引进过程中，由于条块分割、各自为阵，重复引进，反复陷入“引进—落后—再引进”的困境；反观高铁，正是由于统一规划，整合行业资源，对外发挥战略买家优势，对内统一组织消化吸收再创新，才取得了高铁集成创新的成就。又如科研设施，国家、地方、社会近年来投巨资配置了大量的科研设施，甚至让一些成果斐然的国外研究机构也羡慕不已，但其利用率十分低下。我国大型科研设施利用率仅25%，远低于发达国家的170%—200%，一些昂贵的设备临近报废期限尚未开封。
导致这些现象的主要原因是：企业缺乏自主创新的动力和压力。市场需求旺盛，资源、环境、劳动力成本低廉，企业缺乏自主创新的动力；在“先占市场”和“自主创新”之间，大多数企业无论是以追求效益为动机，还是因实际人力、财力制约，往往选择前者，不愿承受创新的压力。行政体制机制改革亟待深化。一方面，行政微观干预过多，没有发挥市场配置科技资源的基础性作用；另一方面，对产业关键共性技术、科技资源整合、中小企业融资渠道等方面调控不足，没有发挥行政应有的统筹作用。
加快发展方式转变，核心是依靠科技，重点是提高自主创新能力，关键是深化体制机制改革。为此建议：
一是发挥自主创新举国体制优势。对重大装备、关键共性技术、战略性产业的自主创新，要发挥“举国体制”和“集中力量办大事”的优势，破除部门分割，统一规划、统一组织、协同配合，将有限的资源向战略目标领域集中，以较快的速度实现重大突破；整合转制科研院所及其他研究机构组建国家工程技术研究总院，提高产业关键共性技术创新能力。
二是完善自主创新机制。加强宏观调控，凝聚科技力量，挖掘潜力大、效益好且与国情和产业环境相匹配的关键共性技术，根据研发基础和发展方向，制定技术引进的规划和政策，统筹引进的内容和总量，规范引进行为；建立技术引进为自主创新服务的制度，防止过度引进产生技术依赖，导致原有的研发能力和队伍流失；改革对产业科技投入的方式。将政府投入转化为贷款、可转债、股权投入、产业科技投资基金等形式，委托第三方机构进行市场化运作；统筹构建政府与科研机构、高校、企业、金融、第三方机构之间紧密关联、相互促进的创新体系，完善资源投入、项目管理、成果评价、市场反馈、利益分配等机制；逐步改变军工科技体系封闭发展的状态，加强军民合作，寓军于民。
三是充分利用国内市场。要毫不动摇并切实落实在产品采购上对自主创新产品优先的措施；要打破垄断、让企业依靠自主创新在竞争中发展；要鼓励本土企业根据国情选择自主创新策略，借助高速成长的中国市场不断提高水平，走出中国特色的主导技术路线。
四是完善自主创新的资本市场。深化金融体制改革，加强资本市场基础性制度建设；大力发展中小板和创业板，完善退出机制，支持优质创新型中小企业利用资本市场加快发展；鼓励地方性中小银行发展，探索建立地方资本市场，鼓励符合国情的金融产品创新，促进民间资本为建设创新型国家服务。
