环境保护部经商科技部后答复：一是建设以企业为主体、市场为导向、产学研用相结合的技术创新体系是我国建设创新型国家的重大战略抉择。二是国家重大专项自实施以来，一直非常重视产学研用相结合，强调企业在重大专项实施中的作用。三是“水体污染控制与治理”国家科技重大专项（以下简称“水专项”）在实施过程中高度重视企业的参与。2009年启动课题中，企业牵头和企业作为主要参加单位（排名前5名以内）参与的课题占启动课题总数的54.4%。四是规范水专项项目（课题）承担单位遴选的程序,明确水专项项目（课题）实施方案论证和择优评审要求。针对提案中提出的问题和建议，在今后的水专项实施推进过程中，环境保护包将进一步调整和创新专项组织方式，强化企业的主体地位和产学研用的结合，发挥包括民营企业在内的企业在水专项实施中的重要作用。
