加强基层食品安全治理体系和治理能力建设，是我国“十三五”期间实施食品安全战略的重点和难点。目前，虽然全国大部分省市的食品药品监管部门，都在乡镇或特定区域成立了食品安全监管派出机构，但基层食品安全治理体系不健全和治理能力薄弱的问题仍普遍存在。为此，九三学社中央向大会提交了《关于加强基层食品安全治理体系和治理能力建设的建议》。
在实践中，存在基层政府权威性不足的现状，九三学社中央认为：在依法明确县级政府属地管理责任的同时，应进一步明确乡镇的食品安全工作职责。可借鉴河南、浙江等地经验，在乡镇成立食安委，由乡镇长担任主任，主要负责统筹协调本区域的食品安全隐患排查、信息报告、执法协助、宣传教育等工作。对县级派出机构实施双重管理，在以派出部门管理为主的基础上，进一步强化乡镇对派出机构的监督管理职能。
目前，一些地方基层派出机构仍未按要求设置到位，执法手段“缺枪少炮”问题突出，基层监管处于失守状态。对此，九三学社中央建议：乡镇监管派出机构必须有相应的岗位并配备合格的人员来履行食品安全监管职责。要支持各地依托农村和社区基层组织，加快建立协管员、信息员队伍，发展志愿者等群众性监督队伍，充实基层监管力量。加快构建基层食品安全网格化管理体系和责任体系。对基层执法人员实施全员培训考核，加强协管员、信息员队伍培训，增强其业务水平。推进基层监管队伍装备标准化建设，优先配备急需的执法装备及检测检验设备，并推进县级食品安全和农产品质量安全检验检测资源整合。加快基层监管信息平台建设，用信息化手段提高监管的靶向性和精准性。强化经费保障，督促各地政府将基层食品安全工作经费纳入财政预算予以保障，并建立科学的投入增长机制。
基层特别是广大农村群众缺乏必要的食品安全科普知识，消费安全和法律意识薄弱，为“问题食品”提供了生存空间。九三学社中央提出：加强宣传引导，重点开展食品安全政策法规、科普知识等方面的宣传教育，增强广大群众和相关从业人员的法律意识和安全意识，推动其依法监督维权、依法生产经营。畅通电话、网络等投诉举报渠道，全面实施有奖举报制度，消除举报者后顾之忧。指导基层建立如厨师协会、种植养殖专业合作社等各类新型行业协会，组织开展安全食品乡镇、安全食品村等示范创建活动，多角度、全方位探索基层食品安全治理新模式、新举措。